错误：安装 R 依赖包时未找到 gdal-config，而 gdal 已安装

问题描述：

请指出我遗漏的一点：

openSUSE 11.3

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> sudo R CMD INSTALL rgdal_0.7-12.tar.gz 
root's password:
* installing to library ‘/usr/lib64/R/library’
* installing *source* package ‘rgdal’ ...
** package ‘rgdal’ successfully unpacked and MD5 sums checked
configure: gdal-config: gdal-config
checking gdal-config usability... ./configure: line 1353: gdal-config: command not found
no
Error: gdal-config not found
The gdal-config script distributed with GDAL could not be found.
If you have not installed the GDAL libraries, you can
download the source from  http://www.gdal.org/
If you have installed the GDAL libraries, then make sure that
gdal-config is in your path. Try typing gdal-config at a
shell prompt and see if it runs. If not, use:
 --configure-args='--with-gdal-config=/usr/local/bin/gdal-config'
with appropriate values for your installation.

ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/rgdal’

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> whereis gdal-config
gdal-config: /usr/local/bin/gdal-config

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> gdal-config 
Usage: gdal-config [OPTIONS]
Options:
 [--prefix[=DIR]]
 [--libs]
 [--dep-libs]
 [--cflags]
 [--datadir]
 [--version]
 [--ogr-enabled]
 [--formats]
 xx@linux-y3pi:~/Desktop/R>

> sessionInfo()
R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
> 

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> gdal-config --version
1.9.0

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> proj
Rel. 4.8.0, 6 March 2012
usage: proj [ -beEfiIlormsStTvVwW [args] ] [ +opts[=arg] ] [ files ]

linux-y3pi:~ # $PATH
bash: /home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin/:/home/xx/qtsdk-2010.05/bin:/home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin:/home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin/:/home/xx/qtsdk-2010.05/bin:/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin:/home/xx/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/X11R6/bin:/usr/games: No such file or directory

解决方案 1：

在 Ubuntu 18.04 中

我已修复此问题，sudo apt install libgdal-dev
希望有人觉得这有用。上面的一些答案似乎已过时且冗长。

在早期版本中（有 apt-get）

sudo apt-get install libgdal-dev

解决方案 2：

除了部署用的普通包外，开发时还需要-dev带头文件和共享库链接的包。就发行版而言，有两种不同的用例。

在我的发行版上：

edd@max:/tmp$ dpkg -l | grep gdal | cut -c-72
ii  libgdal1-1.7.0                                1.7.3-6ubuntu3        
ii  libgdal1-dev                                  1.7.3-6ubuntu3        
edd@max:/tmp$ 

并且R CMD INSTALL rgdal_0.7-8.tar.gz按照您期望的 CRAN 包那样运行良好，因为在 CRAN 中进行了所有的构建时检查。

2016 年末更新： 正如@JoshO'Brien 在评论中指出的那样

小更新：2016 年，运行 Ubuntu 14.04.2，libgdal1h似乎已经取代了libgdal1（尽管libgdal1-dev仍然需要）。至少当我尝试apt-get install libgdal1

对于 Ubuntu 16.04，相应的行是

sudo apt-get install libgdal1i

这种对上游库的重命名很常见；诸如 之类的东西apt-cache search libgdal可以帮助找到当前的包名称。但重要的libgdal-dev关键是，构建所需的只是“抽象”开发包，因为它libgdal1i通过依赖项将“具体”的当前运行时包（此处： ）拉入。

解决方案 3：

您可以使用apt-file包来查找哪个包包含您正在寻找的丢失的文件。

首先使用命令安装apt-file ，使用命令apt-get install apt-file
更新apt-file，apt-file update
现在您可以使用apt-file来查找丢失的文件。 apt-file search gdal-config

就我的情况来说，从 svn 配置 grass-7.1 时也遇到了同样的错误。如下所示：

$ ./configure
...more...
checking whether to use GDAL... yes
checking for gdal-config... /usr/bin/gdal-config
              ...more....
./configure: 1: ./configure: /usr/bin/gdal-config: not found
./configure: 6093: test: =: unexpected operator
configure: error: *** Unable to locate GDAL library.

但是，在使用apt-file查找gdal-config文件（如下所示）后，在安装了libgdal1-dev包后，我能够解决该错误

$ apt-file search gdal-config

结果

libgdal1-dev: /usr/bin/gdal-config

所以我安装了libgdal1-dev，如下所示：

$ sudo apt-get install libgdal1-dev

解决方案 4：

发生这种情况是因为包“rgdal”配置失败，所以我们必须安装必要的依赖项。

需要 libgdal-dev 和 libproj-dev 包：

sudo apt-get install gdal-bin proj-bin libgdal-dev libproj-dev

然后通过以下方式安装 rgdal

install.packages("rgdal")

加载 rgdal

library(rgdal)

解决方案 5：

在macOS上

brew install gdal

删除了错误

未找到 gdal-config

解决方案 6：

在 CentOS 6 上尝试一下

sudo yum install gdal gdal-python gdal-devel mapserver mapserver-python libxml2 libxml2-python python-lxml python-pip python-devel gcc

解决方案 7：

此后，我的 Mac Monterrey 仍继续抱怨brew install gdal。

不过，这个 github 问题中的建议起了作用

install.packages("sf", type = "source", configure.args = 
'--with-gdal-lib=/opt/homebrew/opt/gdal/lib/ 
--with-sqlite3-lib=/opt/homebrew/opt/sqlite/lib/ 
--with-gdal-config=/opt/homebrew/bin/gdal-config
--with-proj-share=/opt/homebrew/opt/proj/share/ 
--with-proj-lib=/opt/homebrew/opt/proj/lib 
--with-proj-include=/opt/homebrew/opt/proj/include/
--with-geos-config=/opt/homebrew/opt/geos/bin/geos-config')

解决方案 8：

阅读参考手册。

从源代码构建的系统要求：GDAL >= 1.6.0 库来自http://trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSource和 PROJ.4（proj >= 4.4.9）来自http://trac.osgeo.org/proj/；

解决方案 9：

对于 manjora 或 archlinux，只需尝试：
yay -S gdal

解决方案 10：

今天我在没有管理权限的 Linux CentOS 6.10 上也出现了同样的问题。

我做了什么：

a) 创建专用于我的 R 版本的 conda 环境

conda create --name MYR

b) 激活环境

source activate MYR

c）安装 R

conda install -c conda-forge r-base

d）安装 libgdal

conda install -c conda-forge libgdal

这帮我解决了问题。我的 R 版本是 4.1.3。我想其他版本应该也可以。

解决方案 11：

在 Manjaro 上：

sudo pamac install gda

无需安装额外的包或库。