我如何让 R 读取我的环境变量？

问题描述：

我在 EC2 竞价实例上运行 R，我需要 R 在脚本运行后终止实例并取消竞价请求。

为此，我已将“请求 ID”设置为环境变量/.bashrc，我的计划是在脚本准备就绪后简单地将以下代码调用到 R中

system("ec2-cancel-spot-instance-requests $SIR")

我遇到的问题是，当我env从 R 外部输入时，R 没有“看到”我看到的相同环境变量，因此命令不起作用。

我已经检查过，如果我在 R 上设置环境变量/etc/environment，就可以看到这些变量，但这是另一个问题。由于这些变量是动态的（每次创建 Spot 实例时，实例 ID 和请求 ID 都不同），我正在运行一个脚本来以以下形式创建它们：

export SIR=`cat /etc/ec2_instance_spot_id.txt`

该文件包含动态 ID

那么，如何将“动态”环境变量插入/etc/environment？或者，如何让 R 读取环境变量/.bashrc？

解决方案 1：

您想要的Sys.getenv()就像Sys.getenv("PATH")说的那样。

或者举个例子，尝试

SIR <- Sys.getenv("SIR")   
system(paste("ec2-cancel-spot-instance-requests",  SIR))

至于在启动时设置变量，请help(Startup)参阅了解~/.Renvironment等

解决方案 2：

我的方法是这样的：我将项目级环境变量存储在一个.env文件中。为了使其在 R 中可访问，我使用了

> readRenviron(".env")

然后访问特定变量

> Sys.getenv("RDS_UID")

而且效果非常好。

解决方案 3：

使用Sys.getenv()您可以看到当前环境中列出的所有变量。

但是，它们与您当前 shell 中使用的不同，例如在 .profile 中指定的。

要设置 R 的变量，请.Renviron在主目录中创建一个文件并在其中写入

MYDIRECTORY="/home/wherever"

重新启动 R 后，你将能够使用以下命令访问此变量

Sys.getenv("MYDIRECTORY")

解决方案 4：

更完整的方法：

创建一个文件，myenvs/.Renviron内容如下：

USERNAME="my_username"
PASSWORD="StrongPassword"

然后，在 R 中加载并使用：

readRenviron("myenvs/.Renviron")
username <- Sys.getenv("USERNAME")
password <- Sys.getenv("PASSWORD")