numpy 未定义符号:PyFPE_jbuf

2024-11-14 08:29:00
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摘要:问题描述:我正在尝试使用一百万首歌曲数据集,为此我必须安装 python 表、numpy、cython、hdf5、numexpr 等。昨天我设法安装了我需要的所有东西,在遇到一些 hdf5 问题后,我下载了预编译的二进制包并将它们保存在我的 /bin 文件夹中,并将相应的库保存在 /lib 中,之后我测试了这...

问题描述:

我正在尝试使用一百万首歌曲数据集,为此我必须安装 python 表、numpy、cython、hdf5、numexpr 等。

昨天我设法安装了我需要的所有东西,在遇到一些 hdf5 问题后,我下载了预编译的二进制包并将它们保存在我的 /bin 文件夹中,并将相应的库保存在 /lib 中,之后我测试了这个 python 脚本:http://labrosa.ee.columbia.edu/millionsong/sites/default/files/tutorial1.py.txt

并且它运行良好,明确地说,我让它工作的方法是首先运行脚本并开始安装所需的依赖项,但是今天我重新启动了笔记本电脑,但它不起作用,现在它在控制台上抛出这个错误:

python2.7 script.py 

返回:

import numpy as np # get it at: http://numpy.scipy.org/
from . import random
from .mtrand import *
ImportError: /home/francisco/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/random/mtrand.so: undefined symbol: PyFPE_jbuf

在我看来,这样的文件中缺少一个变量,我猜测脚本在错误的地方寻找 numpy 库,因为我进行了如此多的失败安装,也许我破坏了某些东西,而它之所以能起作用只是因为它被加载到了计算机的临时内存中。

我尝试安装 Anaconda,并创建了一个新的环境并使用 anaconda 包管理器安装了软件包,甚至我列出了所有软件包,它返回:

# packages in environment at /home/francisco/anaconda2/envs/Music:
#
biopython                 1.66                np110py27_0  
cython                    0.23.4                    <pip>
hdf5                      1.8.15.1                      2  
mkl                       11.3.1                        0  
numexpr                   2.5                 np110py27_0  
numpy                     1.10.4                   py27_1  
openssl                   1.0.2g                        0  
pillow                    3.1.1                     <pip>
pip                       8.1.1                    py27_0  
pytables                  3.2.2               np110py27_1  
python                    2.7.11                        0  
python-ldap               2.4.25                    <pip>
readline                  6.2                           2  
reportlab                 3.3.0                     <pip>
requirements              0.1                       <pip>
setuptools                20.3                     py27_0  
sqlite                    3.9.2                         0  
tables                    3.2.2                     <pip>
tk                        8.5.18                        0  
wheel                     0.29.0                   py27_0  
zlib                      1.2.8                         0  

我仍然遇到相同的错误。我真的需要帮助,不知道还能尝试什么。谢谢。


解决方案 1:

我遇到了同样的问题,可能你安装了没有 Anaconda 的 numpy,因此会出现冲突,不知道该使用哪个 numpy:用 pip 安装的还是用 conda 安装的。当我删除非 Anaconda numpy 时,错误就消失了。

pip uninstall numpy

解决方案 2:

对于 cython 用户:

这篇文章很有帮助。文章解释说,有一些标志(--with-fpectl)要么在编译 cpython 时设置,要么不设置。当使用没有该标志的 cpython 编译库时,它与设置了该标志的版本不兼容。这种影响仅在使用 cython 时才会出现,因为 numpy 本身不使用此扩展。

正如该帖子进一步指出的那样,我的 Ubuntu 16.04 是使用此标志创建的,而 Conda 则没有。对我来说,具体是模块hmmlearn抛出了未定义符号错误。一定是这样,因为它是由 Ubuntu 附带的,并且设置了标志,而不是由 anaconda 附带的。所以我卸载了 hmmlearn,并从源代码手动重新安装了它(不幸的是,Anaconda 不提供 hmmlearn)。--> 有效!

解决方案 3:

讽刺的是,我什么都没做就重启了笔记本电脑,结果一切正常。我不明白为什么。

解决方案 4:

我同意之前的帖子,这似乎是由于安装了多个版本的numpy造成的。对我来说,仅仅使用pip是不够的,因为我还安装了多个版本的pip。

指定特定的 pip 解决了该问题:

/usr/bin/pip3 uninstall numpy

解决方案 5:

最初,我使用系统 /usr/bin/pip 和 anconda pip 安装了 cython。我使用系统 pip 卸载了系统 cython,然后使用 重新安装
conda install cython。现在可以正常工作。

解决方案 6:

首先删除numpy/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy-1.11.0-py2.7-linux-x86_64.egg
然后使用以下命令

sudo pip install numpy scipy

就我而言,我已经解决了这个错误。

解决方案 7:

我在特定情况下遇到了这个问题。我使用Anaconda(我认为是 3)创建了一个新环境。之前,我使用 numpy 创建了一个 py3 环境,不确定是否相关。但在创建新的 py2.7 环境时,我通过 pip 安装了一个特定的包 Ta-lib,但随后出现了与 numpy 相关的相同问题的导入错误,具体情况是 Ta-lib。

从这篇文章中,Gaurav 建议 使用 pip 标志 --no-cache-dir来确保在安装 numpy 期间进行重建。我卸载了我的 Ta-lib 和 numpy,然后通过 pip 使用此标志重新安装它们,一切正常。

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