Conda 环境中的意外 Python 路径

问题描述：

在 Conda 环境中（base此处），我对 Python 路径中的目录顺序感到惊讶：

python -c "import sys; print(sys.path)"
['', 
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python37.zip',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/lib-dynload',
'/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages']

如你所见，我的本地非 Conda 路径：

/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages

位于 Conda 对应部分之前：

/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages

这意味着miniconda3/lib/python3.7/site-packages如果在 中也发现了 Python 包，则会忽略安装在 中的 Python 包.local/lib/python3.7/site-packages。事实上，在 中.local/lib/python3.7/site-packages我有numpyv1.20，但在 Conda 环境中我需要 v1.19，它已正确安装，但已被 v1.20 取代。这似乎违背了使用 Conda 的意义。

我的配置有问题吗？或者我这里遗漏了什么？

一些信息：

which python
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/python

python -V
Python 3.7.12

which conda
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/conda

conda --version
conda 4.11.0

解决方案 1：

这是预期的行为（参见PEP 370），也是Anaconda 建议不要进行用户级包安装的部分原因。

该site模块负责sys.path在 Python 初始化时设置。代码中site.py特别在附加前缀站点之前附加用户站点，这就是导致这种优先级的原因。根据PEP 370 的动机是，用户会在系统级别安装 Python，但希望优先考虑在用户级别安装的软件包，因此用户站点应该在前缀站点之前加载。

选项

有几种选项可以避免加载用户级站点包。

1：环境变量

环境变量PYTHONNOUSERSITE将切换用户级的加载site-packages。即，

PYTHONNOUSERSITE=1 python -c "import sys; print(sys.path)"

2：Python-s标志

或者，Python 二进制文件有一个-s参数可以专门禁用用户级站点包。

python -s -c "import sys; print(sys.path)"

3：删除（并避免将来）用户级安装

Conda 的建议是完全避免pip install --user，这意味着应该~/.local/lib/python*从系统中删除文件夹。

4：自动化 Conda 环境变量

Conda Forge 软件包

Conda Forge 包conda-ecosystem-user-package-isolation将在环境激活期间自动设置PYTHONNOUSERSITE=1。

如果您希望所有环境默认具有这样的隔离，那么请考虑将其添加到create_default_packages配置列表中：

conda config --add create_default_packages conda-ecosystem-user-package-isolation

请注意，此包还设置了R_LIBS_USER="-"，将任何 R 环境与用户级包隔离。

替代软件包

如果您想要更细致的选项，我还创建了单独的包，仅设置PYTHONNOUSERSITE=1和PYTHONPATH=""环境变量，可以使用以下命令安装：

## set PYTHONNOUSERSITE=1
conda install merv::envvar-pythonnousersite-true

## clear PYTHONPATH
conda install merv::envvar-pythonpath-null